Az Európai Bizottságot sokan az Európai Unió "kormányának" mondják, s bár ez erős túlzás, az kétségtelen, hogy a testület óriási kezdeményező szerepet játszik, s az elfogadott döntések végrehajtását is neki kell figyelemmel kísérnie. Ennek megfelelően a bizottsági elnöknek különös fontossága van: nem véletlen, hogy az év első felében hosszas, színfalak mögötti alkudozások folytak kiválasztásáról a tagállamok között, jelöltekkel, önjelöltekkel, vétókkal, összeveszésekkel. Az Európai Unió júniusi brüsszeli csúcsértekezletén nem is tudtak egyezségre jutni az új bizottsági elnök személyéről (aki november elsején veszi át a tisztséget, 5 éves időtartamra), s így június végére rendkívüli csúcsot kellett összehívni, ahol végül egyöntetűen Barrosót jelölték. A jelölést azonban jóvá kellett hagynia az Európai Parlamentnek is, hogy a portugál politikus - aki időközben lemondott miniszterelnöki tisztségéről - hivatalosan is a bizottság következő elnökévé váljon: ez történt meg most, a júniusban újraválasztott Európai Parlament alakuló ülésszakán. A vitában a kereszténydemokrata és konzervatív erőket tömörítő Európai Néppárt frakcióvezetője csoportjuk támogatásáról biztosította Barrosót, hiszen a portugál politikus is ehhez a pártszövetséghez tartozik. Annál meglepőbb volt, hogy a szocialisták frakcióvezetője bejelentette: csoportjuk nagy része Barroso ellen szavaz majd. (A néppártiak ugyanis a szocialisták jelöltjét támogatták az Európai Parlament keddi elnökválasztásán, s ennek fejében azt követelték, hogy a szocialisták is szavazzák meg az általuk jelölt Barrosót.) A szocialisták és a többi, a portugál politikus elleni voksolást kilátásba helyező, kisebb parlamenti frakció mindenekelőtt a szociális érzékenységet kérték számon a portugál politikuson, az iraki háború ügyében az Egyesült Államok melletti egyöntetű kiállását nehezményezték. Egyesek kifogásolták, hogy támogatja Törökország minél gyorsabb EU-felvételét, miközben ez az állam szerintük sem földrajzilag, sem kulturálisan nem tartozik Európához. Azonban az Európai Néppárt súlyánál fogva (268 képviselőjük van a 732-ből), s mert a harmadik legnagyobb erőnek számító liberálisok (88 képviselő) szintén Barroso mellett tették le voksukat, megválasztása nem volt kétséges. A portugál politikus ezt követen megkezdheti az új Európai Bizottság összeállítását. Szájer József, a Fidesz-MDF európai parlamenti képviselőcsoportjának tagja, az Európai Néppárt frakcióvezető-helyettese szerint Barroso megválasztása a magyar érdekeket szolgálta: részben, mert kiállt amellett, hogy az új EU-tagállamok ne csak formálisan számítsanak tagnak, de a fejlődésükhöz szükséges pénzeket is megkapják az Európai Uniótól, másrészt mert egy Magyarországhoz hasonló nagyságú ország képviselője, a magyar helyzetet várhatóan jobban megértő politikus kerül az Európai Bizottság élére. Ráadásul most megtört az a tendencia, hogy ezt a fontos posztot csak az alapító tagok kaphatják meg: Portugália csak a nyolcvanas években, s viszonylag szegényen csatlakozott az Európai Unióhoz. Tabajdi Csaba, a magyar szocialista delegáció vezetője az MTI-nek nyilatkozva maga is úgy vélte, hogy Barroso - egy közepes méretű, s később csatlakozott ország politikusaként - sokkal nagyobb érzékenységet mutat majd a most belépett országok problémái iránt, s segíthet felzárkózásukban, hogy az Európai Unió szolidáris legyen velük, úgy, ahogy szolidáris volt a korábbi csatlakozások idején. Emellett fontosnak mondta, hogy a portugál politikusnak jó személyes kapcsolatai vannak a magyar vezetőkkel. Végül elmondta: mivel az EP szocialista frakciójában nem írtak elő kötelező szavazást, a magyar szocialista képviselők döntő többsége megszavazta a portugál politikus kinevezését.